Johann Ernst, Graf von Thun und Hohenstein kam am 3. Juli 1643 als Sohn des Grafen Johann Sigmund von Thun und Hohenstein und dessen Gemahlin Margaretha Anna von Oettingen-Baldern in Graz zur Welt. Am 29. Dezember 1679 wurde er zum Bischof von Seckau und am 30. Juni 1687 zum 58. Erzbischof und zugleich 63. geistlichen Regenten von Salzburg gewählt.
Seine Genealogie befindet sich im Stammbaum-Netzwerk und im Familienbuch Adelsgeschlechter.