Gundaker von Liechtenstein kam am 30. Januar 1580 auf Schloss Eisgrub (Lednice) zur Welt. Er war Begründer der sogenannten Gundakerschen Linie des Hauses Liechtenstein.
Er trat 1599 als Kämmerer in den Hofdienst ein und begleitete Erzherzog Matthias auf Kriegszügen nach Ungarn. Im Jahr 1606 diente er mehrfach als Gesandter und begleitete 1608 Matthias bei dessen Zug nach Böhmen gegen Rudolf II. Im Jahr 1606 wurde er Rat bei der Hofkammer. Zwischen 1614 und 1617 hatte er verschiedene Posten inne. So war er Landeshauptmann in Oberösterreich, Landmarschall in Niederösterreich, Obersthofmeister von Erzherzog Johann Karl und Obersthofmeister der Anna von Österreich-Tirol, der Ehefrau von Kaiser Matthias.
Im Jahr 1618 übernahm er eine Gesandtschaft zu den Ständen Schlesiens. Seine Aufgabe war es zu verhindern, dass Schlesien sich dem Böhmischen Aufstand anschloss. Dieser Versuch scheiterte.
Seit 1621 war er geheimer Rat. Vor allem in der Zeit vor 1626 war er als führender Kopf des geheimen Rates einflussreich. Seit 1625 war er Obersthofmeister und wurde von Hans Ulrich von Eggenberg verdrängt.
Seine Genealogie befindet sich im Stammbaum-Netzwerk und im Familienbuch Adelsgeschlechter.